Prodi Profesi Dokter bersama dengan Prodi Pendidikan Dokter mendapatkan ijin Opersional dari kemenristek Dikti pada tanggal 28 Maret 2016.
Meskipun sudah mendapatkan ijin penyelenggaraan pada tahun 2016, namun baru pada tahun 2020, Prodi Profesi Dokter FKIK UIN Malang mulai menjalankan pendidikan tahap profesi.
Angkatan pertama mahasiswa tahap profesi berjumlah 41 Mahasiswa yang memulai pendidikan profesi pada 12 Departemen Klinik di RSU Karsa Husada Kota Batu
RSU Karsa Husada Kota Batu merupakan RS Pendidikan Utama bagi FKIK UIN Maulana Malik Ibrahim Malang. Mahasiswa tahap Pendidikan profesi akan menjalani proses Pendidikan pada RS Pendidikan utama dan lahan kepaniteraan klinik lainnya seperti RS jejaring, puskesmas, klinik dan wahana Pendidikan klinik lainnya.
